PKN STAN merupakan transformasi dari sekolah kedinasan yang cukup dikenal yaitu Sekolah Tinggi Akuntansi Negara (STAN). Dalam sejarahnya, pendirian PKN STAN melalui periode yang cukup panjang. Perjalanan sejarah PKN STAN secara singkat dapat diuraikan sebagai berikut:

• Kursus Jabatan Ajun Akuntan yang didirikan Melalui Surat Keputusan Menteri Keuangan No.167941/UP tanggal 31 Juli 1952. Kursus Djabatan Ajun Akuntan (KDAA) meliputi Ajun Akuntan Negara (AAN) yang diselenggarakan di Bandung dan Ajun Akuntan Pajak (AAP) yang diselenggarakan di Jakarta;
• Akademi Pajak dan Pabean (AP2) yang dibentuk melalui Keputusan Menteri Keuangan No:248621/UP tanggal 25 November 1957. Akademi ini awalnya bernama Akademi Pajak yang dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan No: 213812/UP pada tanggal 4 Oktober 1956. Penyelenggaraan kuliah Akademi Pajak dan Pabean berada di 3 tempat yang salah satunya dilaksanakan di Jl. Purnawarman 99 Kebayoran Baru Jakarta;
• Sekolah Tinggi Ilmu Keuangan Negara (STIKN), berdiri tahun 1959 berdasarkan Surat Keputusan Menkeu No: 175402/UP/X tanggal 31 Desember 1959. Para mahasiswa STIKN juga berkuliah di kampus Purnawarman atau kampus yang dikenal dengan nama Kampus Sumitro Djojohadikusumo. STIKN merupakan pengganti dari Akademi Pajak dan Pabean yang dibubarkan oleh Menteri Keuangan pada saat itu. Selama periode berdirinya STIKN, terdapat pula beberapa sekolah bidang keuangan lain di antaranya Akademi Treasury Negara (ATN) yang dibentuk pada tahun 1958 oleh Departemen Keuangan dan Akademi Dinas Pemeriksa Keuangan (ADPK) yang didirikan tahun 1963 oleh Badan Pemeriksa Keuangan;
• Institut Ilmu Keuangan (IIK) yang berdiri pada tahun 1967 berdasarkan Keppres No.167 tahun 1968. IIK merupakan peleburan dari STIKN, ATN, dan ADPK dan telah berbentuk perguruan tinggi setara dengan perguruan tinggi lainnya yang melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi. Namun pada akhirnya IIK dibubarkan pada tahun 1975;
• Sekolah Tinggi Akuntansi Negara pada awalnya bukan merupakan perubahan dari IIK. STAN merupakan salah satu Pusdiklat di bawah Badan Pendidikan dan Latihan keuangan (BPLK) yang dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 45 tahun 1974 jo. Keputusan Presiden Nomor 12 tahun 1967. Pada tanggal 17 Maret 1975 melalui Surat Keputusan Nomor 13495/MPK/1975 diperoleh ijin penyelenggaraan pendidikan akuntan dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Pada tahun pertama berdirinya, penyelenggaraan pendidikan STAN masih menggunakan kampus Purnawarman. Kampus STAN Bintaro mulai digunakan pada tahun 1988, 2 tahun setelah peresmiannya oleh Menteri Keuangan RI saat itu, Radius Prawiro pada tanggal 16 Juli 1986. Sejak saat itu Kampus Bintaro menjadi kampus Sekolah Tinggi Akuntansi Negara atau yang dikenal juga dengan nama kampus Ali Wardhana. Nama kampus Ali Wardhana diberikan sebagai penghargaan kepada Menteri Keuangan era tahun 1968 hingga 1983, dan
• Perkembangan program reformasi birokrasi dan transformasi kelembagaan menuntut Kementerian Keuangan untuk melakukan penataan Sekolah Tinggi Akuntansi Negara (STAN). Penataan ini dimaksudkan agar STAN dapat meningkatkan peran dan kontribusinya dalam menyediakan SDM berkompeten dan berintegritas di bidang keuangan negara yang sejalan dengan arah dan tujuan transformasi kelembagaan Kementerian Keuangan. Hingga pada tanggal 15 Juli 2015 keluarlah Peraturan Menteri Keuangan RI No. 137/PMK.01/ 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Keuangan Negara STAN yang menandai berdirinya Politeknik Keuangan Negara STAN.